Fino a pochi anni fa andavano molto di moda i programmi automatici (software based o web based) di inserimento sui motori di ricerca.

Software di questo tipo sono ad es. Web Position, Add Web, Sumbit Wolf; molti web tools invece sono ancora disponibili in rete (solo per fare un esempio citiamo: http://websitesubmit.hypermart.net/freesubmit.htm):

Mediante l'utilizzo di questi programmi l'operazione di indicizzazione era estremamente veloce in termini operativi e comoda per l'operatore che, compilando i dati una sola volta, li vedeva automaticamente passare ai motori di ricerca e non rimaneva poi altro da fare che attendere per vedersi in classifica.

Il lato negativo della indicizzazione automatica era la sua non infallibilità. Molte volte il procedimento di inserimento non andava a buon fine e l'utente poteva non accorgersene. Per cui l'attesa diventava inutile ed occorreva ripartire nuovamente con la reindicizzazione nella speranza che le cose andassero meglio.

I motori di ricerca, a partire da Altavista - poi acquisito da Yahoo!, hanno cominciato a contrastare i sistemi di inserimento automatico. In primo luogo perché si è verificato un abuso dell'utilizzo di questi programmi che, quando lanciati in massa dall'utenza, causavano il danna del restringimento della banda. Di conseguenza ora i principali motori di ricerca si sono dotati di un meccanismo che impedisce l'indicizzazione automatica. Occorre infatti inserire una password generata dal motore di ricerca (e visualizzata mediante immagini gif e non numeri - altrimenti utilizzabili dai software automatici) per poter effettuare l'azione.

Oggi come oggi pertanto è sconsigliata l'indicizzazione automatica anche perché questa è ormai assai limitata ed agisce solo su motori secondari. Yahoo!, Fast, Altavista, Google ecc. sono tutti dotati di sistema suddetto per cui il software in questi casi è inutile.

C'è anche da dire che ormai il mercato dei motori di ricerca è suddiviso tra tre grandi realtà che coprono il 90% di esso: Msn, Google, Yahoo!.

Essere presenti su questi vuol dire raggiungere quasi tutto il mercato degli utenti, sia in modo diretto, cioè apparendo nei risultati del motore stesso, che indiretto, ovvero apparendo su altri motori che utilizzano, in base a partnerships, le tecnologie dei motori principali. Ad es. Virgilio in Italia utilizza la tecnologia di Google così come Supereva, Kataweb ecc.

Inoltre il vantaggio dell'indicizzazione manuale è la maggiore sicurezza dell'avvenuta indicizzazione.

Relativamente alle directories l'indicizzazione deve essere sempre manuale anche perché la procedura di inserimento implica prima il riconoscimento della categoria appropriata, poi l'indicizzazione attraverso la compilazione di un apposito form di richiesta.